淡水珍珠与海水珍珠（以南珠为例）的养殖技术是不同的，因此结构也有所不同。淡水珍珠是无核的，所有的成分由珍珠质组成，因此若以淡水珍珠制成珍珠粉，不存在其它杂物。
另外，海水珍珠多因有内核，其形状比较好控制，大多都比较规则，所以用做装饰品或手饰价值会更高，只有少部分不规则无装饰价值的海水珍珠用来做珍珠粉，所以海水珍珠粉的产量也不高。在药典中，海水珍珠和淡水珍珠是可以同等入药的。科学分析发现，淡水珍珠与海水珍珠的成分是有区别的，淡水珍珠有3种氨基酸含量较海水低，2种与之持平。
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