1.烘干法
烘干法是木瓜蛋白酶最原始的一种提取方法，是指将保护剂放入番木瓜浆液中.然后再将浆液做离心处理，之后将提取出来的上清液放在鼓风干燥箱中，将温度设置为55~6O℃进行烘干处理，将其粉碎后可达到粗酶制品。但这种提取方法不利于保持酶的活性，制作出来的酶纯度也不高。
2.单宁沉淀法
单宁沉淀法是将番木瓜的浆液进行离心处理之后，提取出上清液，之后再上清液中加入单宁溶液，同时对这种混合液进行不断的搅拌，使单宁溶液达到所需要的浓度.之后将其静置一段时间，提取出这种混合液体的复合物，对复合物的p H值进行调节，沉淀后对其进行干燥和真空处理，从而获得酶制品。但有研究发现，这种提取方式得到的酶虽然活力较高，但得率低，且对环境也造成一定的污染。
3.超滤法
超滤技术分离木瓜蛋白酶，首先清洗干净空纤维超滤膜，控制压力和流量在要求的范围之内便可以进行过滤处理。木瓜蛋白酶的分子较大，因此对木瓜粉蛋白酶进行超滤时会截留其中的大分子物质，只留下部分分子较小的物质和水分，实现了分离和纯化。这种方法提取出的木瓜蛋白酶纯度高，但是由于大分子物质在超滤时会在膜表面聚集产生强烈的浓度差异，进而降低超滤速度，造成得率下降。
4.盐析法
盐析法，将浓度合适的硫酸铵溶液放在粗酶液中进行盐析处理，对溶液的pH值进行调节，并对溶液进行分离和沉淀，最终获得需要的酶。这种提取方法提取出的酶具有较高的纯度，适合用于化妆品的制作，不过由于在提取过程中加入了大量的盐所以得到酶中的灰分增加，降低了木瓜蛋白酶的活性，因此盐析法的提取方式并不理想。
5.絮凝法
絮凝法指的是在木瓜乳胶水提取液中加入能够和木瓜蛋白酶生成难以溶解的复合物质，之后再沉淀出酶。这种提取方法的酶得率较高，但纯度不高，木瓜蛋白酶在提取出来之后含有的杂质比较多。
6.超声波提取法
作为一种木瓜蛋白酶的新型提取技术，超声波提取法指的是利用超声波产生的空化效应来提高细胞壁的渗透力，对细胞内外的质量传输进行强化，与此同时就会对细胞壁造成破坏，将大量的细胞内含物释放出来，使提取过程得到强化。超声波提取法可以通过超声波形成的微射流效应来促使提取率提高。这种提取方法是将新鲜木瓜原浆进超声波处理，然后离心、除杂、过滤，最后将上清液进行浓缩收集酶液样品，这种方法得到的粗酶液含量不高，杂质较多，需要进行进一步的纯化处理。
7.亲和膜色谱法
亲和膜色谱法是一种高科技分离纯化技术，有效的结合了亲和分离与膜分离，使得其具有两种特性。亲和摸色谱法对木瓜蛋白酶进行分离，吸附量较高，色谱性能佳，纯化程度高。
亲和膜色谱分离技术和传统的膜分离技术相比还是占有一定的优势，例如具有压降小、纯度高、分离时间段、分离过程中生物大分子变性的几率低等，有助于实现规模化的提取，且纯度较高。
8.双水相萃取提取法
双水相萃取提取木瓜蛋白酶，利用物质不想溶于两水双配系数的差异进行萃取。这种方法提取的效果较好，提取出的木瓜蛋白酶活力最高，得率也最高。双水相萃取优势明显，可以实现连续化操作，不会残留杂质和有机溶剂，分离过程成本低，是一种高效的提取木瓜蛋白酶的方法。
木瓜蛋白酶的提取方式虽然具有复杂性和多样性，但是提取的步骤大同小异.都是需要经过分离、纯化、沉淀、离心等处理，只是这些步骤的排列方式不同。在提取木瓜蛋白酶的过程中应该掌握酶的理化特征，不断的对提取工艺和技术进行优化，最大限度的利用资源，节省成本，促进经济效益的实现。